张尧学“网络计算的模式及基础理论研究”获得自然科学一等奖后，就屡次受到人们质疑。最近更有媒体称张尧学自然科学一等奖涉嫌抄袭。2月2日，网友质疑张尧学及其团队的“远程桌面项目”涉嫌抄袭国外IT工程师上传的开源代码软件。张尧学回应，“透明桌面系统”是基于透明计算理念研发的应用原型之一，没有进入到2014年度国家自然科学一等奖“网络计算的模式及基础理论研究”的申报材料，所以自然科学一等奖涉嫌抄袭并不成立。
2月2日，网名为KraneSun的IT工程师在知名开源代码软件（由散布在全世界的编程者队伍所开发，其源码可以被公众使用的软件）平台Github发帖质疑张尧学及其团队的“远程桌面项目”涉嫌抄袭国外IT工程师上传的开源代码软件。
KraneSun在帖文中明确指出了“抄袭证据”，根据张尧学团队此前操作演示画面截图，经toast（弹窗提示短消息）关键词反向检索，这—项目即“远程桌面”，代码则源自某国外IT工程师的开源项目。
张尧学及其团队对网络质疑进行回应。张尧学解释成果演示视频是“透明桌面系统”，从2013年10月开始研发，是基于透明计算理念研发的应用原型之一。而“透明桌面系统”的研发成果并没有进入到2014年度国家自然科学一等奖“网络计算的模式及基础理论研究”的申报材料，该奖项的申报材料截止时间为2011年1月1日。
“获奖的研究跟展示的应用没有关系，展示的应用只是为了让大家能看懂。”张尧学说。
根据张尧学发来的声明，透明桌面项目组在研发过程中遵循开源代码重用协议GPLV2，使用了部分开源代码，“这是一种合法的使用，也是软件行业公认的一种合理使用，不是‘抄袭’，更非‘盗用’”。声明称，目前透明桌面系统仍在研发之中，项目组承诺将继续遵循开源代码重用协议，会有步骤有计划地开放项目源代码。
声明还表示，目前网络上出现的“抄袭”、“盗用”、“剽窃”等指责严重缺乏事实依据，已对项目组造成了极大伤害，产生了恶劣的影响，项目组成员保留依法予以追诉的权利。
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